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Attualmente l'attività di reparto nell'azienda ospedaliero universitaria di Modena si svolge principalmente all'interno degli ospedali Po liclinico di Modena e all'interno dell'Ospedale Civile di Baggiovara (NOCSAE) situato a circa 10 km dal Policlinico.

All'ingresso ogni specializzando viene asegnato ad una delle due sedi; la sede di asegnazione determina il reparto internistico di riferimento che lo specializzando frequenterà per la maggior parte del tempo e dove effettuerà le coperture di guardia. La casistica dei pazienti fra i due reparti internistici (ovvero la Medicina Interna del Policlinico e la Medicina Metabolica di Baggiovara) è completamente sovrapponibile, non avendo nesuno dei due reparti un indirizzo prettamente specialistico.

La rete formativa della Scuola di specializzazione in Medicina Interna di Modena attualmente comprende le Unità Operativa a indirizzo internistico di:

1. Carpi
2. Mirandola
3. Pavullo
4. Reggio Emilia
5. Sassuolo
6. Vignola